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Comment DAIRIA IA vous aide à gérer un arrêt maladie longue durée

DAIRIA IA · 2 avril 2026 · 12 min de lecture

Un arrêt maladie de longue durée est l’une des situations les plus complexes à gérer pour un employeur. Les obligations s’enchaînent sur plusieurs mois, voire plusieurs années, avec des délais stricts, des interlocuteurs multiples (médecin du travail, CPAM, salarié) et des décisions lourdes de conséquences. Une erreur de gestion peut coûter très cher : manquement à l’obligation de sécurité, licenciement nul, dommages et intérêts conséquents.

DAIRIA IA vous accompagne tout au long de ce parcours en vous fournissant, à chaque étape, les obligations précises à respecter, les délais applicables, les documents à produire et les risques à anticiper. Voici comment.

Phase 1 : Le début de l’arrêt maladie — vos premières obligations

Quand un salarié vous transmet un arrêt maladie, plusieurs obligations se déclenchent immédiatement pour l’employeur. DAIRIA IA vous les rappelle de manière exhaustive :

La transmission de l’attestation de salaire à la CPAM

L’employeur doit établir et transmettre l’attestation de salaire à la CPAM dans les 5 jours suivant la connaissance de l’arrêt de travail. Cette attestation permet le calcul des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS). Depuis 2022, la transmission se fait obligatoirement par voie dématérialisée (DSN) pour les entreprises de plus de 10 salariés.

DAIRIA IA vous rappelle les éléments de salaire à intégrer dans l’attestation et les périodes de référence à utiliser pour le calcul. Le BOSS, rubrique « Assiette générale », précise que les IJSS versées par subrogation par l’employeur ne sont pas soumises à cotisations (§880) et que le plafond de sécurité sociale doit être réduit lorsque l’absence ne donne pas lieu à un maintien de rémunération (§870). L’IA vous alerte sur les erreurs fréquentes qui retardent le versement des IJSS.

Le maintien de salaire employeur

Après un délai de carence de 7 jours (sauf disposition conventionnelle plus favorable), l’employeur a l’obligation de compléter les IJSS pour maintenir tout ou partie de la rémunération du salarié. Cette obligation est prévue par l’article L.1226-1 du Code du travail, qui pose plusieurs conditions cumulatives :

  • Le salarié doit avoir au moins 1 an d’ancienneté dans l’entreprise
  • Il doit avoir transmis son arrêt dans les 48 heures
  • Il doit être pris en charge par la sécurité sociale
  • Il doit être soigné en France ou dans un État de l’UE/EEE

DAIRIA IA calcule pour vous la durée et le montant du maintien de salaire :

  • Pendant les 30 premiers jours : 90 % de la rémunération brute (salaire + IJSS)
  • Pendant les 30 jours suivants : 66,66 % (deux tiers) de la rémunération brute
  • Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté, dans la limite de 90 jours par période

Mais attention : de nombreuses conventions collectives prévoient des conditions de maintien de salaire plus favorables. Le BOSS, rubrique « Allègements généraux », précise les règles de calcul de la réduction générale en cas d’absence avec maintien intégral de rémunération : la valeur du SMIC à retenir est celle qui aurait été prise en compte si le salarié avait été présent (§840). En cas de maintien partiel ou sans maintien, le SMIC est corrigé proportionnellement (§850). DAIRIA IA vérifie automatiquement votre convention collective et vous indique les règles applicables.

Phase 2 : La gestion de l’absence prolongée

Quand l’arrêt maladie se prolonge au-delà de quelques semaines, de nouvelles questions se posent. DAIRIA IA vous guide sur chacune d’elles.

Le remplacement du salarié absent

L’employeur peut recruter un salarié en CDD pour remplacer le salarié absent (article L.1242-2, 1° du Code du travail). DAIRIA IA vous aide à rédiger ce contrat en intégrant les mentions obligatoires spécifiques au CDD de remplacement : nom et qualification du salarié remplacé, motif de l’absence, terme du contrat (qui peut être imprécis, lié au retour du salarié remplacé).

L’IA vous rappelle également qu’il n’y a pas de délai de carence entre deux CDD de remplacement successifs pour le même salarié absent, ce qui vous permet d’assurer la continuité du remplacement sans interruption.

Le contact avec le salarié absent

Un point délicat que DAIRIA IA traite avec nuance : l’employeur peut-il contacter un salarié en arrêt maladie ? La réponse est oui, dans certaines limites. L’employeur peut prendre des nouvelles du salarié et l’informer de la vie de l’entreprise. En revanche, il ne peut pas lui demander de travailler, même ponctuellement, ni exercer de pression pour qu’il reprenne le travail. La jurisprudence sanctionne sévèrement ces comportements au titre du manquement à l’obligation de sécurité.

La contre-visite médicale

L’employeur qui maintient le salaire pendant l’arrêt maladie a le droit de faire procéder à une contre-visite médicale par un médecin de son choix (article L.1226-1, alinéa 3 du Code du travail). DAIRIA IA vous explique les conditions de mise en oeuvre :

  • Le médecin contrôleur doit se présenter au domicile du salarié pendant les heures de présence obligatoire (9h-11h et 14h-16h, sauf sorties libres autorisées)
  • Si le médecin conclut à l’aptitude du salarié, l’employeur peut suspendre le maintien de salaire
  • Le salarié peut contester les conclusions du médecin contrôleur

L’impact sur les congés payés et l’ancienneté

DAIRIA IA vous informe sur les effets de l’absence prolongée :

  • Congés payés : depuis la loi du 22 avril 2024 transposant la jurisprudence européenne (CJUE, arrêt Schultz-Hoff), les salariés en arrêt maladie non professionnelle acquièrent des congés payés à hauteur de 2 jours ouvrables par mois (au lieu de 2,5 jours pour les salariés présents). Les salariés en arrêt pour AT/MP continuent d’acquérir 2,5 jours par mois pendant toute la durée de leur arrêt.
  • Ancienneté : la période d’arrêt maladie non professionnelle n’est généralement pas prise en compte pour le calcul de l’ancienneté, sauf disposition conventionnelle contraire. En revanche, l’arrêt pour AT/MP est intégralement pris en compte.
  • Protection sociale complémentaire : le BOSS, rubrique « Protection sociale complémentaire », précise que le bénéfice de l’exclusion d’assiette ne peut être remis en cause si le dispositif ne maintient pas les garanties pour les salariés absents non indemnisés (§1550). Si l’employeur maintient les garanties, la rémunération de référence est le montant moyen des 12 mois précédant l’arrêt (§1570).

Phase 3 : La fin de l’arrêt maladie — la visite de reprise

C’est une étape cruciale que trop d’employeurs négligent. DAIRIA IA vous alerte systématiquement sur l’obligation d’organiser une visite de reprise auprès du médecin du travail dans les cas suivants (article R.4624-31 du Code du travail) :

  • Après un arrêt pour maladie ou accident non professionnel d’au moins 60 jours (30 jours pour les arrêts ayant débuté avant le 1er avril 2022)
  • Après un arrêt pour accident du travail d’au moins 30 jours
  • Après un arrêt pour maladie professionnelle, quelle que soit la durée
  • Après un congé de maternité

La visite de reprise doit être organisée dans les 8 jours suivant la reprise effective du travail. La Cour de cassation (Soc., 3 juillet 2024, n°23-13.784) a récemment réaffirmé que l’employeur a l’obligation d’organiser la visite de reprise lorsque le salarié en fait la demande. Par un arrêt du 4 septembre 2024 (n°22-23.648), la Cour de cassation a précisé les conséquences du non-respect de cette obligation : tant que la visite de reprise n’a pas eu lieu, le contrat de travail reste suspendu et l’employeur ne peut pas sanctionner le salarié pour absence injustifiée.

La visite de pré-reprise

DAIRIA IA vous informe également de la possibilité d’organiser une visite de pré-reprise lorsque l’arrêt dure plus de 30 jours (article R.4624-29 du Code du travail). Cette visite, qui peut être demandée par le salarié, le médecin traitant ou le médecin du travail, permet d’anticiper les conditions de reprise : aménagement de poste, reclassement, formation. C’est un outil précieux pour préparer le retour du salarié et éviter une déclaration d’inaptitude.

Phase 4 : L’avis d’inaptitude — le scénario redouté

Si le médecin du travail constate que le salarié ne peut pas reprendre son poste, il rend un avis d’inaptitude (article L.4624-4 du Code du travail). Cet avis déclenche une procédure complexe que DAIRIA IA déroule étape par étape.

Les conditions de l’avis d’inaptitude

Depuis la loi Travail du 8 août 2016, le médecin du travail peut rendre un avis d’inaptitude en une seule visite. L’avis doit être précédé d’un examen des conditions de travail dans l’entreprise et d’un échange avec l’employeur. Le médecin peut assortir son avis de préconisations : aménagement de poste, reclassement dans un autre emploi, etc.

DAIRIA IA vous alerte sur deux mentions particulières que peut contenir l’avis d’inaptitude :

  • « Tout maintien du salarié dans un emploi serait gravement préjudiciable à sa santé » : l’employeur est dispensé de l’obligation de reclassement
  • « L’état de santé du salarié fait obstacle à tout reclassement dans un emploi » : même conséquence, dispense de reclassement

La Cour de cassation (Soc., 12 juin 2024, n°23-13.522) a précisé la portée de la mention relative à l’impossibilité de reclassement, confirmant qu’elle dispense effectivement l’employeur de toute recherche de reclassement. De même, la Cour de cassation (Soc., 13 décembre 2023, n°22-19.603) a confirmé cette jurisprudence sur l’impossibilité de reclassement.

En l’absence de ces mentions, l’employeur est tenu à une obligation de reclassement stricte.

La contestation de l’avis d’inaptitude

DAIRIA IA vous informe que l’employeur (ou le salarié) peut contester l’avis d’inaptitude devant le conseil de prud’hommes dans un délai de 15 jours suivant la notification de l’avis (article L.4624-7 du Code du travail). Cette contestation est portée devant la formation de référé qui peut désigner un médecin expert.

Phase 5 : L’obligation de reclassement

Quand l’avis d’inaptitude ne dispense pas l’employeur de reclassement, celui-ci doit chercher activement un poste compatible avec les préconisations du médecin du travail. DAIRIA IA vous guide dans cette recherche cruciale.

Le périmètre de la recherche

L’obligation de reclassement s’étend à l’ensemble des postes disponibles dans l’entreprise et, le cas échéant, dans le groupe, parmi les entreprises situées sur le territoire national (article L.1226-2 pour l’inaptitude non professionnelle, article L.1226-10 pour l’inaptitude d’origine professionnelle). La Cour de cassation (Soc., 5 juillet 2023, n°21-25.797) a rappelé les conséquences du non-respect de cette obligation en termes d’indemnisation.

DAIRIA IA vous aide à documenter vos recherches de reclassement :

  • Recensement de tous les postes disponibles dans l’entreprise et le groupe
  • Analyse de la compatibilité de chaque poste avec les préconisations du médecin du travail
  • Prise en compte des aménagements possibles (horaires, ergonomie, télétravail)
  • Rédaction des courriers de proposition de reclassement au salarié

La consultation du CSE

Avant de proposer un reclassement ou de notifier l’impossibilité de reclassement, l’employeur doit consulter le comité social et économique (CSE) sur les postes envisagés (articles L.1226-2 et L.1226-10 du Code du travail). DAIRIA IA vous rappelle cette obligation souvent oubliée et vous aide à préparer la convocation et l’ordre du jour.

Le refus du salarié

Si le salarié refuse la ou les propositions de reclassement, DAIRIA IA vous explique les conséquences :

  • Le refus d’un poste conforme aux préconisations du médecin du travail ne constitue pas une faute
  • L’employeur peut proposer d’autres postes ou constater l’impossibilité de reclassement
  • Le refus est un élément que le juge prendra en compte pour apprécier le sérieux de la recherche

Phase 6 : Le licenciement pour inaptitude

Si le reclassement est impossible (aucun poste disponible, refus du salarié, ou dispense par le médecin du travail), l’employeur peut procéder au licenciement pour inaptitude. DAIRIA IA vous accompagne dans cette procédure spécifique.

Le délai d’un mois

L’employeur dispose d’un mois à compter de l’avis d’inaptitude pour reclasser ou licencier le salarié. Passé ce délai, il doit reprendre le versement du salaire (article L.1226-4 du Code du travail). DAIRIA IA calcule ce délai et vous alerte avant son expiration.

La procédure de licenciement

Le licenciement pour inaptitude suit la procédure classique du licenciement pour motif personnel :

  • Convocation à l’entretien préalable (avec respect du délai de 5 jours ouvrables)
  • Entretien préalable
  • Notification du licenciement (avec un délai minimum de 2 jours ouvrables après l’entretien)

DAIRIA IA génère les modèles de courrier adaptés et vérifie que la lettre de licenciement mentionne correctement le motif (inaptitude constatée par le médecin du travail et impossibilité de reclassement ou dispense de reclassement).

Les indemnités selon l’origine de l’inaptitude

C’est un point crucial où la distinction entre inaptitude d’origine professionnelle et non professionnelle a des conséquences financières majeures. DAIRIA IA calcule les indemnités applicables :

Inaptitude d’origine non professionnelle :

  • Indemnité légale ou conventionnelle de licenciement (la plus favorable)
  • Pas de préavis (mais pas d’indemnité compensatrice de préavis sauf disposition conventionnelle contraire)
  • Indemnité compensatrice de congés payés

Inaptitude d’origine professionnelle (AT/MP) — article L.1226-14 du Code du travail :

  • Indemnité spéciale de licenciement égale au double de l’indemnité légale, sauf si l’indemnité conventionnelle est plus favorable
  • Indemnité compensatrice égale à l’indemnité de préavis (même si le salarié ne peut pas l’exécuter)
  • Indemnité compensatrice de congés payés

L’écart entre les deux régimes peut être considérable. Pour un salarié avec 10 ans d’ancienneté et un salaire de 3 000 euros brut, la différence peut dépasser 15 000 euros. La Cour de cassation (Soc., 15 décembre 2021, n°20-18.782) a d’ailleurs précisé les règles de cumul entre l’indemnité spéciale de licenciement pour inaptitude professionnelle et l’indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse. DAIRIA IA vous aide à déterminer l’origine de l’inaptitude et à appliquer le bon régime.

Les erreurs qui coûtent cher — et que DAIRIA IA vous évite

La gestion d’un arrêt maladie longue durée est truffée de pièges. Voici les erreurs les plus fréquentes que DAIRIA IA vous aide à éviter :

  • Ne pas organiser la visite de reprise : le contrat reste suspendu, le salarié peut demander des dommages et intérêts (Cass. soc., 4 septembre 2024, n°22-23.648), et l’employeur ne peut pas engager de procédure de licenciement
  • Licencier avant l’avis d’inaptitude : le licenciement est nul, avec toutes les conséquences qui en découlent (réintégration, indemnisation sans plafond)
  • Ne pas consulter le CSE avant le licenciement pour inaptitude : le licenciement est irrégulier, ouvrant droit à des dommages et intérêts supplémentaires
  • Bâcler la recherche de reclassement : le licenciement est sans cause réelle et sérieuse si l’employeur ne prouve pas une recherche sérieuse et loyale (Cass. soc., 5 juillet 2023, n°21-25.797)
  • Confondre inaptitude professionnelle et non professionnelle : appliquer le mauvais régime d’indemnisation expose l’employeur à un rappel d’indemnités
  • Dépasser le délai d’un mois sans reclasser ni licencier : l’employeur doit reprendre le versement du salaire intégral (art. L.1226-4 C. trav.)

DAIRIA IA vous alerte sur chacun de ces points au moment opportun, avec les références juridiques précises et les actions concrètes à mettre en oeuvre.

Un outil indispensable pour sécuriser la gestion des absences

La gestion d’un arrêt maladie longue durée mobilise du temps, de l’attention et des compétences juridiques pendant plusieurs mois. Sans accompagnement, les risques d’erreur sont élevés et les conséquences financières peuvent être très lourdes.

DAIRIA IA transforme cette gestion complexe en un processus structuré et sécurisé. L’outil vous accompagne du premier jour d’arrêt jusqu’au solde de tout compte éventuel. Chaque réponse est sourcée, chaque calcul est vérifiable, chaque alerte est fondée sur les textes en vigueur.

Sources juridiques

Code du travail :

  • Article L.1226-1 — Maintien de salaire par l’employeur en cas de maladie (conditions, durée, montant)
  • Article L.1226-2 — Obligation de reclassement en cas d’inaptitude non professionnelle
  • Article L.1226-4 — Reprise du versement du salaire à défaut de reclassement ou de licenciement dans le mois
  • Article L.1226-10 — Obligation de reclassement en cas d’inaptitude d’origine professionnelle
  • Article L.1226-14 — Indemnité spéciale de licenciement (double de l’indemnité légale) en cas d’inaptitude AT/MP
  • Article L.1242-2, 1° — CDD de remplacement d’un salarié absent
  • Article R.4624-29 — Visite de pré-reprise (arrêt de plus de 30 jours)
  • Article R.4624-31 — Visite de reprise obligatoire (60 jours maladie, 30 jours AT, toute durée MP)
  • Article L.4624-4 — Avis d’inaptitude du médecin du travail
  • Article L.4624-7 — Contestation de l’avis d’inaptitude devant le CPH (délai de 15 jours)

BOSS (Bulletin officiel de la sécurité sociale) :

Jurisprudence :

Loi :

  • Loi n°2024-364 du 22 avril 2024 — Acquisition de congés payés pendant les arrêts maladie (transposition CJUE)
  • Loi n°2016-1088 du 8 août 2016 (loi Travail) — Réforme de l’inaptitude (avis en une seule visite)

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