Comment licencier un salarié en arrêt maladie : guide complet pour l’employeur

Le licenciement d’un salarié en arrêt maladie est une situation délicate que de nombreux employeurs doivent affronter. Contrairement à une idée reçue, l’arrêt maladie ne constitue pas en soi une protection absolue contre le licenciement. Toutefois, le Code du travail et la jurisprudence encadrent strictement cette possibilité. L’article L.1132-1 du Code du travail interdit toute discrimination fondée sur l’état de santé. L’employeur doit donc naviguer entre ses impératifs de gestion et le respect des droits fondamentaux du salarié. Ce guide détaille les conditions dans lesquelles un tel licenciement est possible et la procédure à suivre.

Le principe : l’interdiction de licencier en raison de la maladie

L’article L.1132-1 du Code du travail pose un principe fondamental : aucun salarié ne peut être licencié en raison de son état de santé ou de son handicap. Ce principe est d’ordre public et sa violation entraîne la nullité du licenciement, conformément à l’article L.1132-4 du Code du travail. La Cour de cassation veille scrupuleusement au respect de cette interdiction. Dans un arrêt du 24 septembre 2025 (n°22-20.155, publié au bulletin), la chambre sociale a rappelé que le licenciement d’un salarié en arrêt maladie est nul lorsqu’il est fondé, même partiellement, sur l’état de santé. L’employeur ne peut donc jamais mentionner la maladie comme motif dans la lettre de licenciement. Toute référence directe ou indirecte à l’état de santé dans les motifs de rupture expose l’employeur à une condamnation pour licenciement discriminatoire.

Les cas où le licenciement est possible pendant un arrêt maladie

Si la maladie ne peut jamais constituer le motif du licenciement, d’autres motifs peuvent justifier la rupture du contrat pendant l’arrêt. Trois situations principales autorisent le licenciement :

La désorganisation de l’entreprise

Lorsque l’absence prolongée ou les absences répétées du salarié désorganisent le fonctionnement de l’entreprise et rendent nécessaire son remplacement définitif, le licenciement peut être prononcé. La Cour de cassation exige la réunion de deux conditions cumulatives : la perturbation du fonctionnement de l’entreprise (et non du simple service) et la nécessité de procéder au remplacement définitif du salarié (Cass. soc., 13 mars 2001, n°99-40.110). Le remplacement définitif doit intervenir dans un délai raisonnable après le licenciement et se matérialiser par l’embauche d’un salarié en CDI. La convention collective applicable peut prévoir une clause de garantie d’emploi fixant une durée minimale pendant laquelle le licenciement est interdit.

La faute du salarié

Un salarié en arrêt maladie peut être licencié pour faute disciplinaire commise avant ou pendant l’arrêt. Par exemple, un manquement à l’obligation de loyauté découvert pendant l’absence (exercice d’une activité concurrente, par exemple) constitue un motif valable. Le délai de prescription des fautes disciplinaires (deux mois à compter de la connaissance des faits par l’employeur, article L.1332-4 du Code du travail) continue de courir pendant l’arrêt maladie.

Le motif économique

Un licenciement économique peut être prononcé pendant un arrêt maladie dès lors que les conditions de l’article L.1233-3 du Code du travail sont réunies (difficultés économiques, mutations technologiques, réorganisation nécessaire à la sauvegarde de la compétitivité, cessation d’activité). L’arrêt maladie ne confère aucune immunité contre un licenciement économique régulier.

La procédure de licenciement à respecter

La procédure de licenciement pour motif personnel s’applique intégralement. L’employeur doit convoquer le salarié à un entretien préalable par lettre recommandée avec accusé de réception ou remise en main propre (article L.1232-2 du Code du travail), en respectant un délai minimum de cinq jours ouvrables entre la présentation de la lettre et l’entretien. Lors de l’entretien, l’employeur expose les motifs du licenciement envisagé et recueille les explications du salarié. Si le salarié ne peut se déplacer, l’entretien peut être proposé à son domicile ou dans un lieu adapté. La lettre de licenciement doit être notifiée par LRAR au moins deux jours ouvrables après l’entretien (article L.1232-6). Elle doit énoncer avec précision les motifs du licenciement, sans jamais mentionner la maladie.

Les protections renforcées en cas d’accident du travail ou maladie professionnelle

Lorsque l’arrêt de travail résulte d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle, les articles L.1226-9 et L.1226-13 du Code du travail prévoient une protection renforcée. Pendant la période de suspension du contrat, l’employeur ne peut rompre le contrat que pour faute grave du salarié ou impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l’accident ou la maladie. Toute violation de cette protection entraîne la nullité du licenciement avec droit à réintégration et indemnisation intégrale du préjudice (article L.1226-15). L’indemnité ne peut être inférieure à douze mois de salaire. Cette protection s’applique dès que l’employeur a connaissance de l’origine professionnelle de l’arrêt, même en l’absence de déclaration officielle (Cass. soc., 24 septembre 2025, n°22-20.155).

Les risques pour l’employeur en cas de licenciement irrégulier

Les conséquences d’un licenciement irrégulier pendant un arrêt maladie varient selon la nature de l’irrégularité. Si le licenciement est jugé discriminatoire (fondé sur l’état de santé), il est frappé de nullité. Le salarié peut alors demander sa réintégration avec le paiement des salaires perdus, ou opter pour une indemnité qui ne peut être inférieure à six mois de salaire (article L.1235-3-1 du Code du travail). En cas de licenciement sans cause réelle et sérieuse (par exemple, absence de remplacement définitif), le barème Macron de l’article L.1235-3 s’applique. L’employeur s’expose également au remboursement des indemnités France Travail (ex-Pôle emploi) dans la limite de six mois. Au-delà des condamnations financières, un licenciement discriminatoire peut donner lieu à des poursuites pénales sur le fondement de l’article 225-2 du Code pénal (trois ans d’emprisonnement et 45 000 euros d’amende).

Nos recommandations pratiques pour l’employeur

Avant de procéder au licenciement d’un salarié en arrêt maladie, l’employeur doit adopter une démarche rigoureuse. Premièrement, il convient de vérifier l’origine de l’arrêt (maladie simple, accident du travail, maladie professionnelle) car le régime de protection diffère considérablement. Deuxièmement, les conventions collectives applicables doivent être examinées pour identifier d’éventuelles clauses de garantie d’emploi. Troisièmement, les motifs du licenciement doivent être objectifs, étrangers à l’état de santé et documentés par des éléments factuels. Quatrièmement, en cas de licenciement pour désorganisation, le remplacement définitif doit être préparé en amont et intervenir dans un délai raisonnable. Enfin, il est fortement recommandé de se faire accompagner par un avocat en droit du travail pour sécuriser la procédure et rédiger la lettre de licenciement. Le cabinet DAIRIA Avocats accompagne les employeurs dans la gestion de ces situations complexes pour minimiser les risques contentieux.